ネオジオポケットカラーは、モノクロだったネオジオポケットの画面をカラー化（4096色中146色表示）したものである。使用電池が単4から単3になり、液晶画面上部に英文表記と赤い「COLOR」のロゴが入り、AおよびBボタンの収まるパネル部に凹みが設けられ、背面中央部が凹んでいるなど微細な違いがある。

ネオジオポケットカラーのTFT液晶は、同時期のカラー携帯ゲーム機（ゲームボーイカラー、ワンダースワンカラーなど）の中では、もっとも見やすく表現力が高かったものだった。